最常见的位置有卵巢，其次还有盆腔腹膜、阴道和直肠之间的组织（阴道直肠隔），罕见的位置还可能会发生在肠道、输尿管、膀胱，甚至是在腹腔外向鼻腔及肺部。在这些异常位置出血的时候，就会刺激腹膜导致痛经或者周期性的出血。

子宫内膜异位症是一种比较特殊的疾病，称它为“良性的疾病，恶性的表现”，主要就是因为它治疗非常困难，药物治疗和手术治疗都有很高的复发率，此外它也影响生育，是造成不孕症的原因之一。目前的治疗上主要取决于患者的病情分期，症状、年龄、生育要求。

因为子宫内膜异位症导致的痛经，通常情况下需要医生检查和评估以后，才能决定具体的治疗方式。较轻(I-II期）的患者，如果没有囊肿或者囊肿较小，还存在这一所谓“怀孕是子宫内膜异位症最好的治疗”的说法，因为一旦怀孕，如果可以足月妊娠并分娩，体内产生大量的孕激素，那对于子宫内膜异位症这些异位的子宫内膜有很强的抑制作用，所以轻型的患者应当积极尝试助孕治疗而不是一味的手术或者吃药。而III-IV期病情比较严重的患者会建议不孕症的常规治疗。

子宫腺肌病是另外一个让很多女性头痛的问题，主要表现就是重度的痛经，痛经有可能没有任何原因开始，也有可能在某次宫腔手术以后出现，逐渐加重，到难以忍受，有些甚至需要口服止痛药控制。通常会合并有不孕、月经过多、性交痛和子宫增大等表现。

子宫腺肌病的成因不清楚，有可能和多次生产有关，也有可能和子宫内膜的损伤有关，也和遗传有关。从病理上看，在子宫肌层内可以看到子宫内膜的出现，由于这些子宫内膜腺体在月经期也会像在子宫腔内的内膜一样出血，但是出的血却流不出去，因此会导致严重的疼痛。通过超声检查，往往可以发现子宫壁增厚，出现结构紊乱。